Изследователски бележки

Анализ на родословието на овцете на Дядо Коледа и ефектите от инбридинга върху характеристиките на изпълнение

Ана Карла Борхес Барбоса а

Габриели де Souza Romano aВ

Джонатан Михаил ДелВ Solar Velarde aВ

VГctorВ Breno Pedrosa cВ

Лус Фернандо Батиста Пинто а * В

Федерален университет в Баия, Училище по ветеринарна медицина и зоотехника, Av. Adhemar de Barros, 500, Ondina, Salvador - BA, 40170-110. Бразилия.

b Университет на Сао Пауло. Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos. Бразилия.

c Държавен университет в Понта Гроса. Зоотехнически отдел. Ср. Бразилия.

Ключови думи Предци; Население; Връзка; Променливост

Ключови думи В. Предци; Ефективен размер на популацията; Свързаност; Променливост

Набор от данни

Окончателният набор от данни включва 11 564 животни в родословието, родени между 2003 и 2011 г., което се поддържа от Държавната асоциация на животновъдите на кози и овце в Сергипе (Асоциация на животновъдите на кози и овце в Сергипана - ASCCO). Записаните черти бяха: тегло при раждане (PC1) и на 60 (PC60), 180 (PC180) и 270 (PC270) дневна възраст. Ежедневните печалби на тегло са изчислени от раждането до 60 дни (GDP1), от 60 до 180 (GDP2) и от 60 до 270 (GDP3) дни на възраст.

y е векторът на фенотипните стойности;

b е векторът на фиксирани ефекти на съвременната група и възрастта на ковариантния репродуктор и възрастта на животното;

X е матрицата на честотата, която свързва наблюденията в y с фиксираните ефекти в b;

а е прекият адитивен вектор на случаен ефект;

Z е матрицата на честотата, която свързва наблюденията в y с преките адитивни случайни ефекти в a;

m е векторът на произволния ефект на майчината добавка;

M е матрицата, която свързва наблюденията в y с адитивния ефект на майката в m;

Майчиният компонент Mm е коригиран само за признаци PC1, PC60 и GDP1. Наборът от данни, използван в това проучване, има малък брой телета на овца. Следователно, постоянният ефект на майката и въздействието върху околната среда на котилото бяха тествани, но представляват проблеми като неконвергенция или непоследователни оценки на параметрите. Поради това беше избрано тези ефекти да не се включват в крайния модел. Освен това наборът от данни показва малък брой самородни животновъди и следователно този ефект не е включен в модела.

Предположенията за моделите за анализ могат просто да бъдат представени по следния начин:

Съвременната група (CG) се състоеше от животни от същата ферма (45 нива), пол (мъжки или женски), тип раждане (самотни или близнаци), година (2003 до 2011) и сезон на раждане (сухи или дъждовни). Съвременните групи с по-малко от три животни бяха елиминирани от анализа. Таблица 1 показва броя на CG на даден признак и описателна статистика за всички черти.

Таблица 1: В Размер на пробата (N), брой съвременни групи (CG), средно и стандартно отклонение (SD) на признаците В

Черти 1 N GC Средно SD
Тегло при раждане 10232 291 3.63 0,80
Тегло на 60 дни (отбиване) 6277 319 15.94 5.77
Тегло на 180 дни 4541 403 31.9 11.16
Тегло на 270 дни 3328 374 39.7 14.5
Ежедневно наддаване на тегло от раждането до 60 дни 5786 319 171,73 64,87
Ежедневно наддаване на тегло от 60 до 180 дни 3229 403 149,43 67,84
Ежедневно наддаване на тегло от 60 до 270 дни 1863 374 69.17 26,83
Животновъди 4742 ---- ---- ----
Жребци 391 ---- ---- ----

1 Теглото и наддаването на тегло се измерват в килограми.

Смесеният модел беше използван за тестване на ефекта на инбридинга върху фенотипни стойности:

и i j е фенотипната стойност на признака;

Ој е глобалната средна стойност;

C G i е фиксираният ефект на съвременната група;

О ± i j I е фиксираният ефект от нивото на коефициента на ковариатен инбридинг;

ОІ i j D е фиксираният ефект от възрастта на ковариантните животновъди;

О´ i j A е фиксираният ефект от възрастта на ковариативното животно;

Оі i j G е случаен ефект от стойността на ковариативното потомство;

и i j е стойността на характеристиката на пилото;

Ој е глобалната средна стойност;

О ± i j I е фиксираният ефект от нивото на коефициента на ковариатен инбридинг;

Смесената процедура на софтуера SAS 17 беше използвана за оценка на коефициентите на регресия на инбридинга за всички признаци. Нивото на значимост за обявяване на ефекта от инбридинга е 5%.

Целостта на родословието

овцете

Фигура 1В Родословие и ниво на идентификация на предците до третото поколениеВ

Фигура 2: В Средно инбридинг (F), ефективен размер на популацията (Ne) и средни стойности на инбридинг за DWG3 по година на раждане В

Най-голямо увеличение на инбридинга се наблюдава при еквивалентното поколение (Таблица 2). Най-големият брой близки животни е бил концентриран между 0 и 10% от коефициента на кръвна близост и само 263 животни са показали F> 10%. Интервалът на генериране за всеки от четирите пътя родител-дете показва средно 3,37 (Таблица 2). Оценките на средния коефициент на инбридинг варират от нула до 6,25% през цялото поколение (Таблица 3), а средният инбридинг е 1,40%, когато се разглеждат само инбредни животни. Оценките на средния коефициент на инбридинг варират между 0,22 и 0,52% през цялото поколение (Таблица 3), а общият среден коефициент на инбридинг е 0,47%. Коефициентът на инбридинг има най-ниската стойност през 2004 г. (0,19%) и най-високата си стойност през 2008 г. (2,86%) (Фигура 2).

Таблица 3В Брой животни (N) по поколение със съответния им среден инбридинг коефициент (F) и среден инбридинг коефициент (AR) В

Поколения N F (%) AR (%)
1 7562 0,00 0,22
две 2901 0,88 0,45
3 844 2.42 0,51
4 210 3.81 0,51
5 57 3.82 0,52
6 1 6.25 0,43

Таблица 4В Коефициенти на регресия на ефектите от инбридинга върху представянето на признаците В

Стойност на фенотип Развъдна стойност Грешка в оценката на черта
стандартна P стойност Грешка в оценката
стандартна стойност P
CP при раждане 0,0054 0,0015 0,0004 -0,0049 0,0006 0 като фенотипния запис. За да се избегне този втори проблем, беше решено да се оцени ефектът от инбридинга върху размножителните стойности. Резултатите (Таблица 4) показват значителен ефект на инбридинга при тези стойности при всички телесни тегла (PC1, PC60, PC180 и PC270). В допълнение, коефициентите на регресия са отрицателни, което е по-съвместимо с предишни проучвания, докладвани при овце 26, 27, 28 .

Коефициентите на регресия за БВП2 и БВП3 са по-високи от (0,263 ± 0,116 €) за дневно нарастване на теглото от 90 до 365 при овцете Sandyno 4 и по-ниски от изчислените за дневно наддаване от 90 до 180 (в € “ 1810 ± 0,017) и от 90 до 365 (€ 1345 ± 0,083) при овцете от Baluchi 2. Дали е открит ефект за ежедневното наддаване на тегло и никакъв за телесното тегло изглежда противоречиво, но е лесно да се обясни. Броят на животните с рекорди за PC60, PC180 и PC270 е различен от броя на животните с рекорди за GDP2 и GDP3, тъй като за изчисляване на дневния прираст на тегло е необходимо да има четири данни от едно и също животно (първоначалното и крайното PC и възрастите първоначален и краен). Това не се случи с всички животни в набора от данни, с който работихме. Когато бяха използвани разплодни стойности, този проблем беше решен, тъй като всички животни имат оценки на разплодни стойности за всички признаци. Възможно е да се забележи в таблица 4, че тази несъгласуваност на практика не е съществувала, когато ефектът от инбридинга се оценява върху репродуктивните стойности (таблица 4), което предполага по-последователен резултат.

2. Gholizadeha M, Ghafouri-Kesbi F. Инбридингова депресия в признаците на растеж на овцете Baluchi. Резолюция на малки преживни животни 2016; 144: 184-190. [В Връзки]

3. Yeganehpur Z, Roshanfekr H, Fayazi J, Beyranvand MH. Депресия по инбридинг върху признаците на растеж на иранските овце Лори. Rev Colomb Cienc Pec 2016; 29: 264-273. [В Връзки]

4. Venkataramanan R, Subramanian A, Sivaselvam SN, Sivakumar T, Sreekumar C, Iyue, M. Ефект на инбридинга и индивидуалното увеличение на инбридинга върху растежа при породите овце Nilagiri и Sandyno. Anim Genet Resour 2016; 58: 63-71. [В Връзки]

5. Scherf BD. Световен списък за наблюдение на разнообразието от домашни животни. 3-то издание, Италия, AO, 2000. [В Връзки]

6. Barros EA, Бразилия LHA, Tejero JP, Delgado-Bermejo JV, Ribeiro MN. Структура на популацията и генетична променливост на породата овце Segure ± чрез анализ на родословието и инбридинг ефекти върху признаците на растеж. Резолюция на малки преживни животни 2017; 149: 128-133. [В Връзки]

7. Mokhtari MS, Shahrbabak MM, Esmailizadeh AK, Shahrbabak HM, Gutierrez JP. Анализ на родословието на иранско-черните овце и инбридинг ефектите върху растежа и възпроизводството. Резюме за дребни преживни животни 2014; 116: 14-20. [В Връзки]

8. Gowane GR, Prakash V, Chopra A, Prince LLL. Структура на популацията и ефект на инбридинга върху растежа на агнетата при овцете Bharat Merino. Резолюция на дребните преживни животни 2013; 114: 72-79. [В Връзки]

9. Mokhtari MS, Shahrbabak MM, Esmailizadeh AK, Abdollahi-Arpanahi R, Gutierrez JP. Генетично разнообразие при овце Kermani, оценено от родословен анализ. Резюме на малки преживни животни 2013; 114: 202-205. [В Връзки]

10. Lynch M, Walsh B. Генетика и анализ на количествени признаци. 1-во издание, САЩ, Sinauer Associates, 1998 г. [Връзки]

11. FC Breda, Euclides RF, Pereira CS, Torres RA, Carneiro PLS, Sarmento JLR, Torres Filho RA, Moita AKF. Инбридинг и граници на селекция в избрани популации, получени чрез симулация. Rev Bras Zootec 2004; 33: 2017-2025. [В Връзки]

12. Pedrosa VB, Santana-Junior ML, Oliveira PS, Eler JP, Ferraz JBS. Структура на популацията и инбридинг ефекти върху признаците на растеж на овцете на Санта Ин в Бразилия. Резолюция на дребните преживни животни 2010; 93: 135-139. [В Връзки]

13. Teixeira-Neto MRT, Cruz JF, Carneiro PLS, Malhado CHM, Faria HHN. Параметри populacionais за овчи корен Санта Иниос в Бразилия. Pesq Agropec Bras 2013; 48: 1589-1595. [В Връзки]

15. Meuwissen TI, Luo Z. Изчисляване на инбридинг коефициентите при големи популации. Genet Sel Evol 199; 24: 305-313. [В Връзки]

16. Groeneveld E, Westhuizen BVD, Maiwashe A, Voordewind F, Ferraz JBS. POPREP: общ доклад за управление на популацията. Genet Mol Res 2009; 8 (3): 1158-1178. [В Връзки]

17. SAS. Ръководство за потребителя на SAS/STAT (версия 13.1). Въведение в смесени процедури за моделиране. САЩ, SAS institute Inc., 2013. [В Връзки]

18. Groeneveld E, KovaЌ M, Mielenz N. VCE Ръководство на потребителя и справочно ръководство (версия 6.0). Германия, 2010. [В линкове]

19. Groeneveld E, Kovac M, Mielenz N. PEST2 Ръководство и справочник за потребителя (версия 2.0). Германия, 2009. [В линкове]

20. Eteqadi B, Hossein-Zadeh NG, Shadparvar AA. Структура на популацията и инбридинг ефекти върху характеристиките на телесното тегло на овцете Guilan в Иран. Резюме на малки преживни животни 2014; 119: 45-51. [В Връзки]

21. Yavarifard R, Hossein-Zadeh NG, Shadparvar AA. Анализ на генетичната структура на популацията и ефект на инбридинга върху телесно тегло при различни възрасти при ирански овце Mehraban. J Anim Sci Tech 2014; 56: 34. [В Връзки]

22. Rodrigues DS, Ribeiro MN, Oliveira SMP, Lima FAM, Villarroel ABS, Pacheco ACL, Santos LH. Структура на популацията на парче Raşa Morada nova като принос към опазването. Cienc Rural 2009; 19: 103-110. [В Връзки]

23. ФАО. Вторични насоки за разработване на национални планове за управление на генетични ресурси от селскостопански животни: Управление на малки популации в риск. Италия, ФАО, 1998 г. [В линкове]

24. Norberg E, Sorensen AC. Тенденция на инбридинг и инбридинг депресия в датските популации на Texel, Shropshire и Oxford Down. J Anim Sci 2007; 85: 299-304. [В Връзки]

25. Patiabadi Z, Varkoohi S, Savar —Sofla S. Инбридинг и инбридинг депресия върху телесното тегло при ирански овце Shal. Iran J Appl Anim Sci 2016; 6: 887-893. [В Връзки]

26. Drobik W, Martyniuk E. Инбридинг и неговото въздействие върху плодородната полска популация от овце Olkuska. Малък Румин Res 2016; 137: 28-33. [В Връзки]

27. Hussain A, Akhtar P, Ali S, Younas M, Shafiq M. Ефект на инбридинга върху признаците на растеж преди отбиване при овце тали. Pak Vet J 2006; 26: 138-140. [В Връзки]

28. Analla M, Montilla JM, Serradilla JM. Изследване на вариабилността на отговора на инбридинга за производство на месо при мериносни овце. J Anim Breed Genet 1999; 116: 481-488. [В Връзки]

Получено: 16 май 2018 г .; Одобрен: 23 март 2019 г.

В Това е статия с отворен достъп, разпространявана при условията на лиценза за признаване на Creative Commons