асоциация

  • Обобщение
  • Цел:
  • Методи:
  • Резултати:
  • Завършеност:
  • Въведение
  • материали и методи
  • Субекти
  • ДНК подготовка
  • Избор на полиморфизъм и генотипизиране
  • статистически анализ
  • Резултати
  • Характеристики на пробата
  • Честоти на генотипиране и алели
  • Асоциация на гените SOCS3 с количествени черти, свързани със затлъстяването.
  • Общ анализ
  • Стратифициран анализ на националността.
  • Линеен регресионен анализ.
  • Дискусия
  • Принос на автора

Обобщение

Цел:

Генът SOCS3 играе важна роля в патогенезата на затлъстяването при животински модели, но данните от проучвания при хора са относително ограничени. За да се реши този проблем, беше извършен анализ на генетична асоциация на националности с различен генетичен произход, живеещи в подобни условия на околната среда.

Методи:

Две хиляди седемстотин единадесет субекти бяха наети на случаен принцип от казахската, уйгурската и ханската националност в Синцзян, Китай. SNP полиморфизмите rs4969168 и rs9892622 в рамките на или близо до гена SOCS3 са генотипирани с помощта на анализа TaqMan-MGB ™. Проведено е проучване за асоциация между двата полиморфизма и свързаните със затлъстяването черти (индекс на телесна маса [ИТМ]; съотношение талия-ханш [WHR]; измервания на тегло, височина, талия и ханш).

Резултати:

Установена е значителна връзка между rs4969168 и свързаните със затлъстяването черти, включително ИТМ (25,32 ± 3,49 kg/m 2 за AA, 24,60 ± 3,70 kg/m 2 за AG, 24,39 ± 3,42 kg/m 2 за GG, P = 0,042), тегло (65,58 ± 11,42 kg за AA, 63,50 ± 11,30 kg за AG, 62,00 ± 10,78 kg за GG, P = 0,011) в ханска националност, но не и в казахстанска или уйгурска националност. Rs9892622 е значително свързан с ИТМ, WHR и WAIST при мъже от Уйгур. Rs9892622 също се свързва с ИТМ при казахстански мъже. Линейният регресионен анализ потвърди горните констатации. Нито един от двата полиморфизма обаче не е свързан със свързани със затлъстяването черти в общата популация.

Завършеност:

Полиморфизмът rs4969168 в или близо до гена SOCS3 има значителен ефект върху националността на Хан, докато rs9892622 е свързан със затлъстяването при уйгурски и казахски националности в Синцзян на Китай.

Въведение

Затлъстяването е основен проблем на общественото здраве в световен мащаб, засягащ хората от всички възрастови групи и етнически групи 1. Според Световната здравна организация (СЗО) в света има до 1 милиард хора с наднормено тегло, от които 300 милиона биха били класифицирани като клинично затлъстели (www.who.int). Освен това ситуацията в повечето развити страни е по-сериозна. Затлъстяването е основен рисков фактор за много здравословни проблеми, включително сърдечни заболявания, диабет тип 2 и повечето видове рак. Освен това тя представлява до 7,8% от общите разходи за медицински грижи в развитите страни 3. Многобройни проучвания се опитват да илюстрират патогенезата на затлъстяването.

Този доклад се фокусира върху връзката между гена SOCS3 и свързаните със затлъстяването черти в националностите Казак, Уйгур и Хан от провинция Синдзян в Китай. Избрани са два полиморфизма на SNP въз основа на данните за полиморфизма на маркера на проекта HapMap и предишни G проучвания на SOCS3 и захарен диабет тип 2: мета-анализ на четири независими популации от проучването. PLoS One 2008; 3: e3852. "Href =/articles/aps201184 # ref11 aria-label =" Reference 11 "data-track = click data-track-label = link> 11, 12. Полиморфизмът е A + 930 → G (rs4969168) полиморфизъм, който се намира в 3'UTR на гена SOCS3, който е SNP (htSNP), който в достатъчна степен маркира хаплотипа и покрива в достатъчна степен генетичната вариация на целия ген. Другият SNP, избран за това изследване, е rs9892622 A → G, вариант на честота, близка към гена, който е в промоторния регион нагоре от гена SOCS3 и изглежда разумен функционален кандидат за локуса и затлъстяването на SOCS3.

материали и методи

Субекти

Субектите (n = 2711) са наети от три раси от Синцзян в Китай. Всички субекти са преминали нормалния медицински преглед и са били подбрани на случаен принцип, включително 1045 казахи, 804 уйгури и 862 ханци на възраст от 19 до 87 години. Местната комисия по етика одобри проучването и всички участници дадоха своето информирано съгласие. Височината на стойката (височината) се измерва (с точност до 0,01 m) със стадиометър. Измерва се телесно тегло (тегло) (с точност до 0,01 kg) с претегляща машина. Индексът на телесна маса (ИТМ) се изчислява като тегло в килограми, разделено на квадратен ръст в метри. И накрая, обиколката на талията (WAIST), обиколката на тазобедрената става (HIP) и съотношението талия-ханш (WHR) бяха определени, както е описано по-рано 13 .

ДНК подготовка

Геномна ДНК се екстрахира от периферните кръвни левкоцити на всички проби по метода на екстракция на фенол-хлороформ нуклеинова киселина. Концентрациите на геномна ДНК в пробите се измерват с помощта на спектрофотометър NanoDrop (Thermo Fisher, Бостън, Масачузетс, САЩ) и се оценяват за анализ, когато съотношението на дължината на вълната 260/280 варира от 1.7-2.0. След това геномните ДНК проби бяха разредени до 10 ng/μl като работна концентрация.

Избор на полиморфизъм и генотипизиране

Избрани са два варианта на SNP rs4969168 и rs9892622. Rs4969198 беше избран като tagSNP, за да обхване всички свързани полиморфизми в SOCS3, които се основават на наскоро освободените данни на HapMap. Тъй като често срещаните варианти са податливи на често срещани заболявания, ние избрахме друг потенциален функционален локус с относително висока честота, rs9892622, в промоторния регион на SOCS3. Генотипизирането се извършва с помощта на TaqMan-MGB ™ 5'-нуклеазен анализ в плаки с 384 ямки и система за откриване на последователността ABI PRISM 7900HT (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA). Суровите данни бяха прочетени в крайната точка и групирани в три групи, представляващи трите генотипа.

статистически анализ

Резултати

Характеристики на пробата

След отстраняване на проби с липсващи данни остана обща популация с n = 2667 проби, включваща и трите раси казахска, уйгурска и ханска; Броят на пробите от всяка раса и техният процент от общата популация на пробите са съответно 1017 (38,14%), 798 (29,92%) и 852 (31,94%). Разпределението на характеристиките на пробата (средно ± SD на признаците, свързани със затлъстяването, и разпределението на генотипа на полиморфизмите на SNP) във всяка националност са показани в таблица 1. Статистическите разлики на тези варианти между националностите са определени чрез теста на Fisher LSD . Данните показват, че всички варианти (възраст, ИТМ, тегло, височина, WHR, WAIST, HIP, rs4969168 и rs9892622) са статистически различни между трите националности и показват, че анализът на взаимодействието на генетичните полиморфизми и факторите на околната среда в общото население би било неподходящо; по-скоро отделен анализ на ефектите от взаимодействието в отделните популации от всяка националност би бил по-подходящ.

Таблица в пълен размер

Разпределението на вариантите, с изключение на полиморфизмите, при различни полове също е анализирано статистически чрез независими проби в t-тест (Таблица 2). Установено е, че вариантите, с изключение на WHR, се различават значително между мъжете и жените. Разпределенията на генотипния полиморфизъм при различните полове бяха анализирани с помощта на χ 2-квадрат тест; не бяха открити разлики в честотата на генотипа между половете, което показва, че не е имало пристрастие към грешка или грешка при писане.

Таблица в пълен размер

Честоти на генотипиране и алели

Процентът на успех при генотипирането на rs4969168 и rs9892622 е бил 97.4%. Честотите на алелите SOCS3 rs4969168 и rs9892622 са събрани за общата популация и всяка субпопулация (класифицирана по раса) (Таблица 1). В казахската, уйгурската и ханската субпопулации честотите на алелите за rs4969168 са съответно 0,582, 0,625 и 0,572, а честотите на алелите за rs9892622 са съответно 0,453, 0,499 и 0,452. Няма отклонение от равновесието на Харди-Вайнберг и в двете групи (P> 0,05). Еднопосочната ANOVA беше използвана, за да се определи, че разпределението на полиморфизмите е статистически различно между трите националности.

Асоциация на гена SOCS3 с количествени признаци, свързани със затлъстяването.

Общ анализ

Асоциацията на двата полиморфизма (rs4969168 и rs9892622) с ИТМ, WHR, височина, тегло, WAIST и HIP се определя чрез еднопосочен ANOVA с SNK тест, но не са открити доказателства за връзка между всеки от двата полиморфизма и количественото черти над общата популация.

Стратифициран анализ на националността.

Таблица в пълен размер

Таблица в пълен размер

За rs9892622 не се наблюдава значителна разлика за свързаните със затлъстяването черти в общата популация. Статистически значими резултати се появиха само при мъжката субпопулация на групата Уйгур, но очевидна тенденция не може да бъде обобщена от наборите от данни (Таблици 5 и 6).

Таблица в пълен размер

Таблица в пълен размер

Линеен регресионен анализ.

Подобно на rs4969168, не е имало доказателства за връзка между rs9892622 и свързаните със затлъстяването черти в общата популация, но в стратифицирания анализ се появява значителна връзка. Интересното е, че за разлика от rs4969168, rs9892622 е свързан с ИТМ, тегло и WAIST в популациите на казахстанците и уйгурите, а не в популацията на хан.

В заключение, ако контролът върху теглото се приписва на различни патогенни фактори или разпространението на етнически хаплоблокове, изглежда генетичният фон играе основна роля. Въз основа на настоящите ни данни, rs4969168 и rs9892622 са свързани със затлъстяването и ефектът на асоцииране е различен в зависимост от националността и пола. Необходими са повече проучвания за картографиране на патогенни локуси и откриване на функционалното въздействие на SOCS3 при затлъстяване.

Принос на автора

Wei TANG е проектирал изследването, е извършил експериментите и е написал статията; Yong-quan SHI и Zhi-min LIU са проектирали изследването и са написали статията; Jun-jie ZOU и Jiao-yang ZHENG допринесоха за аналитични инструменти; и Xiang-fang CHEN и Hua-zong ZENG анализираха данните.