The Диагнозата на цитрулинемия с повишена концентрация на амоний трябва да бъде последвана от спешно лечение за отстраняване на излишния амоняк от кръвта което може да застраши живота ви и по-късно неврологично развитие поради неговата невротоксичност. Това може да стане чрез диализа, ако амониевите стойности са много високи.
Като дългосрочно лечение, естествените протеини в диетата (майчиното мляко или изкуственото мляко) трябва да се намалят, като се заместват частично с хранителни добавки (формула с незаменими аминокиселини и аргинин, калорични добавки), в зависимост от възрастта и клиничния статус, от аминокиселините са от съществено значение за образуването на протеини, необходими на детето за тяхното развитие.
Съществуват и лечения (хелатни съединения), които помагат да се поддържа амонякът под контрол., като бензоат и фенилбутират. Получените съединения (съответно хипурат и фенилацетил глутамат) лесно се елиминират с урината, като по този начин допринасят за елиминирането на аминогрупите на двете аминокиселини.
Понастоящем съществува възможност за чернодробна трансплантация при пациенти с трудно клинично лечение поради чести метаболитни декомпенсации.