Противопоказанията за мезотерапия включват индекс на телесна маса по-голям от 30, известна свръхчувствителност към някой от компонентите, на възраст под 18 години, бременност, кърмене, пациенти, лекувани с антикоагуланти. Пациенти, лекувани със сърдечни лекарства (като амиодарон, хидралазин, калциеви блокери, бета-блокери), болестни състояния като инсулинозависим диабет, чернодробни и бъбречни заболявания, СПИН, гърчове и лупус.
В медицината или здравето всяка нова техника/терапия или лекарство (в зависимост от проблема) ще бъде приета, ако е по-ефективна или по-безопасна или за предпочитане и двете и не на последно място, че е рентабилна. Същността на мезотерапията е, че няма строги научни изследвания, които да се сравняват със съществуващите режими на стандартна терапия при дадено състояние. До днес обаче няма недостиг на знания за ефикасността, механизмите на действие и дългосрочните последици от мезотерапията.
Наличните научни доказателства са с ниска или дори невалидна валидност. Може да се наложи да изчакаме тези видове изследвания да приемат мезотерапията като стандартен режим на терапия в козметичната медицина.
Мезотерапията се използва от около 16 000 американски лекари в ежедневната си медицинска практика, ръстът в броя на лекарите, обучени по мезотерапия, е с 300 на месец, според публикация на списание, посветено на мезотерапията (American Journal of Mesotherapy), установени клиники в известни болници прилагат мезотерапия в центрове по целия свят и те извършват множество международни конгреси. Американската академия по естетична медицина е една от водещите организации, застъпващи се за качествено обучение на лекари и професионална оценка за сертифициране по мезотерапия. Следователно не може да се подценява твърдението, че мезотерапията набира популярност като специализирана дисциплина както сред терапевтите, така и сред обществеността с бързи темпове.
Доказателствата варират от безопасност и ефикасност в едната крайност до популярността в другата, докато надничат през области на несигурност и противоречия.