Микобиотата е съвкупността от гъбични микроорганизми в определена ниша. Въпреки че техните гени представляват само около 1% от тези, които идентифицираме в чревни проби, гъбите са доста разпространени и някои родове като Candida и Saccharomyces се срещат при почти всички индивиди.
Използва се английският термин микобиом да се отнася до съвкупността от гени, типични за микроорганизмите, принадлежащи към царството на гъбите, които присъстват в определена екологична ниша. The микобиота (на испански би било микобиота) е съвкупността от гъбични микроорганизми в определена ниша. Царството на гъбите е широк домейн на еукариотните организми, които имат клетки с генетичен материал, защитени в отделно ядро в цитоплазмата, както се случва в животинското царство и растителното царство.
Изследването на гъбични съобщества в проби от човешки изпражнения показва корелация между гъбични и бактериални родове, което предполага тяхното участие в метаболитните мрежи inter-regnum, тоест те не образуват независима екосистема, но са напълно интегрирани в чревния микробиом 1. В този смисъл понятието „микобиом“ или „микобиота“ е по-скоро интелектуална химера, отколкото реалност на природата: няма гъбична екосистема, отделена от останалите микроорганизми.
В момента най-подходящата и интересна информация от клинична гледна точка се отнася до хроничните възпалителни заболявания на червата. Пациентите с улцерозен колит или болест на Crohn имат ниско разнообразие от гъбични видове във фекалната микробиота, а също и в микробиотата, прикрепена към чревната лигавица, както наскоро беше съобщено в Европейската седмица на гастроентерологията (UEGW 2015, Барселона). Въпреки че има загуба във видовото разнообразие, има увеличение на дела на гъбичните видове над бактериалните, с високо представяне на Диосегия Y. Кандида в лигавицата на пациентите на Crohn. Както при язвен, така и при колит на Crohn има дефицит на Saccharomyces Y. Kluyveromyces по отношение на здравия контрол и Saccharomyces колонизира само невъзпалени области на лигавицата при пациенти с Crohn 2,3 .
Интересно е да се припомни, че при пилотни проучвания преди няколко години благоприятен ефект от лечението с S. boulardii, както при пациенти с болест на Crohn, така и при пациенти с улцерозен колит 4,5 .