Хранително, на енергийно ниво, количеството калории е практически незначително - около 2 Kcal на чаша - и представлява малък принос по отношение на макро и микро хранителни вещества. Въпреки това, в зависимост от консумираното количество и неговата редовност, това може да окаже влияние върху здравето. Количеството въглехидрати или захари, което преди изпичане на кафето представлява 50% от сухото вещество, намалява след изпичане и не осигурява енергия. Малко количество обаче ще действа като диетични фибри, които не се усвояват, но достигат до дебелото черво и могат да се използват от чревни бактерии.
Други компоненти на кафе с биологична активност се наричат "дитерпени", които могат да имат някакъв ефект върху нивата на холестерола в кръвта. Дитерпените в кафето, наречени "кафестол" и "кахвеол", са липидни вещества, които се извличат чрез обработка с гореща вода. Те са отговорни за увеличаването на общите и нивата на LDL холестерол, наблюдавани при някои популации, които консумират нефилтрирано кафе, като турско кафе, скандинавско варено кафе и др., Тъй като съдържат високи нива на двете вещества (6-12 mg/чаша срещу 1,5 mg/чаша в еспресо). Въпреки че могат леко да променят нивата на липидите в кръвта, кафените дитерпени имат, от друга страна, хепатопротективен и антиоксидантен ефект, както показват някои проучвания.
Печенето на кафе води до химическа реакция, наречена „реакция на Maillard“, известна още като „не-ензимно покафеняване“, отговорна за много от цветовете и вкусовете на някои храни. В резултат на тази реакция, когато храната или смесите се нагряват, дори и да не са при много високи температури, се създават тъмни пигменти, наречени „меланоидини“. Тези меланоидини са частично отговорни за органолептичните свойства, като вкуса и аромата на кафе, бира и препечен хляб, наред с други.
Определени количества минерали присъстват в кафето. Най-разпространен, както при много продукти от растителен произход, е калият, чието количество е около 40-80 mg на чаша, което може да представлява между 1-2% от дневния прием, което е интересно да се увеличи чрез увеличаване на консумацията на продукти от растителен произход. Приблизителният принос на други минерали е: 1 mg на чаша натрий, 2 mg калций, 0,1 mg желязо и 4 mg фосфор. Магнезият (Mg) също се съдържа в чаша кафе еспресо - около 24 mg-, така че консумацията на около три чаши на ден може да помогне за задоволяване на дневните нужди на този минерал, които са около 300 mg/ден. Както магнезият, така и хромът (Cr), съдържащи се в кафето, напоследък се свързват с възможния защитен ефект на тази напитка върху диабет тип II, тъй като те са важни за действието на инсулина. И накрая, други незначителни минерали като манган (Mn) са в малки количества и подпомагат действието на някои металоензими, които са от съществено значение за човешкия живот.
Някои витамини също присъстват в кафето, въпреки че видовете В1, В2, В5, Витамин С и дори Е се срещат в зелените кафе на зърна, почти всички те се губят при печенето. За разлика от това, ниацинът, който не се предлага от суровото кафе, се получава от подобна молекула, наречена „тригонелин“, когато бобът се загрява до 200 градуса по време на печене. RDA (препоръчителните хранителни добавки) на ниацин при възрастни са 16 mg/ден и всяка чаша кафе покрива между 6 и 18% от тях.
В кафето се откриват нови вещества, които се анализират и изследват за възможните им антиоксидантни и противовъзпалителни ефекти, наред с други. Резултатите от оценката на изолираните му компоненти обаче не са същите като получените, когато се консумират заедно в чаша кафе. Счита се, че има синергии, които позволяват, въпреки че тяхното присъствие е количествено малко на индивидуално ниво, резултатите от консумацията им заедно са забележителни.